【決算深掘り】Green Earth Institute (9212) 2026年9月期第3四半期決算と中長期ビジョンの進捗分析

はじめに：バイオものづくりを巡る環境と「第2創業」の歩み

Green Earth Institute株式会社（証券コード: 9212） は、「石油から、バイオへ。世界を塗り替える。」というミッションのもと、コリネ菌等を活用したバイオリファイナリー技術を核に「バイオものづくりにおける統合型産業プラットフォーマー」を目指すディープテック企業です。

近年、バイオものづくり領域は世界的に注目を集めており、日本政府が閣議決定した「日本成長戦略」においても我が国の産業競争力強化および経済安全保障に資する中核領域に位置付けられています。政府の官民投資ロードマップでは、 2040年における我が国企業の売上目標が11.9兆円（グローバルシェア10%） と設定されており、強力な政策支援が行われています。

このような歴史的な追い風のもと、同社は2026年7月15日に中長期ビジョンを公表し、「研究のGEI」から「稼ぐGEI」へと進化を遂げる 「第2創業」のフェーズ に入ったことを宣言しました。本レポートでは、2026年9月期第3四半期（3Q累計）の決算数値、財務構造の変化、そして16のパイプラインからなる中長期ビジョンの進捗状況を総合的に解説します。

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1. 2026年9月期 第3四半期（3Q累計）決算ハイライト

2026年9月期第3四半期累計（2025年10月1日〜2026年6月30日）の業績は、売上高が 274百万円 （前年同期比10.7%減）、営業損失が 383百万円 （前年同期は242百万円の損失）、経常損失が 386百万円 （前年同期は242百万円の損失）、四半期純損失が 391百万円 （前年同期は249百万円の損失）となりました。

売上高の微減および赤字幅の拡大という結果ですが、同社ではこれを2031年目標達成に向けた 計画的な先行投資フェーズ によるものと整理しています。

【画像解説：主要3指標スライドの重要性（PAGE_4）】

このスライドは、当期3Q累計の経営成績を「売上高」「営業損失」「総資産」の3軸で包括的に捉えるために非常に重要です。

• 売上高（274百万円） : 前年同期の大型案件一時金の反動により前年同期比で減収となっていますが、期初計画に沿った進捗と説明されています。
• 営業損失（△383百万円） : パイプライン開発や実証案件の拡大に伴う 研究開発費の増加 （267百万円）および 人件費の強化 （203百万円）といった販管費の先行投下が直接の要因です。
• 総資産（3,380百万円） : 前期末比で +413百万円増加 しています。その内訳は、建設仮勘定の増加（+404百万円）や仕掛品の積み上がり（+352百万円）であり、事業化へ向けた資産形成が着実に進んでいることが読み取れます。また、負債側でもNEDO関連の仮受金が +981百万円 と大幅に増加しており、補助金・グラントをテコにした基盤整備の加速を端的に示しています。

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2. 売上構成および販売管理費の深掘り分析

セグメント別の売上構成

当3Q累計の売上高274百万円の内訳および構成比は以下の通りです。

1. テクノロジーパッケージ : 177百万円（構成比 64.6%）
   • 木質バイオマス由来のエタノール関連、製紙産業素材由来のバイオ燃料・バイオ樹脂原料、パーム残渣由来のバイオ燃料等で構成されています。前年同期（199百万円）からはやや低減していますが、これは当4Qに売上計上が集中するスケジュールとなっているためです。
2. 開発型バイオファウンドリ : 91百万円（構成比 33.1%）
   • セルロース・ヘミセルロース・リグニン由来のバイオ化学品関連などの受託研究開発案件です。
3. 生産型バイオファウンドリ : 6百万円（構成比 2.2%）
   • マイコプロテインのサンプル生産に対するランニングロイヤリティ等が含まれます。

販管費（549百万円）の費用構造

販管費は前年同期の470百万円から 79百万円増（+16.9%） の549百万円に拡大しました。その内訳を見ると、単なるコスト増ではなく 将来の収益化に向けたリソース配分 であることが分かります。

• 研究開発費 : 267百万円（販管費の48.6%）
  • パイプライン開発の加速、化粧品・食品・飼料領域での実証案件の拡大、技術パッケージ受注に向けた基盤研究が推進されています。消耗品費（51百万円）や外部委託・知財関連の支払手数料（28百万円）、研究員人件費（108百万円）が主な内容です。
• 人件費 : 203百万円（販管費の37.1%）
  • 2031年目標達成に必要なバイオエンジニア、プラント運営人材、営業人材の採用・強化に投資されています。
• その他費用 : 78百万円（販管費の14.3%）
  • 監査・法律・IR費用および業務提携に伴う支援費用等です。

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3. 貸借対照表に表れる事業進捗（重要変動科目の解釈）

今期の決算において最も注視すべきポイントの1つが、 貸借対照表（BS）の構造変化 です。損益計算書（PL）上は赤字が拡大しているものの、BSの主要科目を紐解くと、将来の売上および事業拡大に向けた「仕込み」が極めて活発に行われていることが確認できます。

【画像解説：BS重要変動科目と財務基盤スライドの重要性（PAGE_9）】

このスライドは、事業化の進展がどのように財務数値として裏付けられているかを示す非常にインパクトのあるデータです。

• 仕掛品（557百万円 / 前期末比+352百万円） :
  • 内訳として、 バイオファウンドリ事業関連（NEDO事業）が432百万円（77.5%） を占めています。これは開発型バイオファウンドリやテクノロジーパッケージの受託・実証案件が順調に進行しており、検収を経て4Q以降の売上高へ振替計上される直前の「先行仕掛かり」であることを意味します。
• 建設仮勘定（429百万円 / 前期末比+404百万円） :
  • セミコマープラント（実証プラント）の建設本格化に伴う投資額です。2027年の稼働に向けて設備投資が着実に執行されています。
• 仮受金［負債］（1,490百万円 / 前期末比+981百万円） :
  • NEDOバイオファウンドリ事業（758百万円）や製紙産業素材由来プロジェクト（566百万円）など、国策案件の受託額や助成金の事前受け取り分です。年度末検収を経て、売上高または営業外収益に振り替えられる性質を持っています。
• 現金及び預金（1,741百万円） :
  • プラント建設や研究開発への戦略投下に伴い前期末比で317百万円減少したものの、豊富な仮受金（1,490百万円）を活用することで必要な運転・投資資金を十分に確保している状態です。

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4. 通期業績予想に対する進捗と4Qへの集中構造

同社は2026年9月期の通期業績予想を据え置いています。

科目	通期予想	3Q累計実績	進捗率	対前期増減率
売上高	1,035百万円	274百万円	26.5%	△3.7%
営業損失	△356百万円	△383百万円	—	—
経常利益	175百万円	△386百万円	—	+12.1%
当期純利益	146百万円	△391百万円	—	+15.3%

一見すると売上高進捗率は26.5%と低い水準にとどまっていますが、これには明確な理由が存在します。

4Q（2026年7月〜9月）における収益計上のメカニズム

同社のビジネスモデル上、国策案件（NEDO等）やパートナー企業との共同開発プロジェクトでは、 第4四半期に検収が一括して集中する構造 となっています。

• 売上高への計上 : P.10で示された仕掛品（557百万円）に対応する案件（開発型バイオファウンドリや木質バイオマス・製紙素材由来のテクノロジーパッケージ）が、NEDOや事業会社からの検収を経て4Qに一気に売上計上されます。
• 営業外収益への計上 : 仮受金のうち、木質バイオマス由来エタノール（森空プロジェクト）や製紙産業素材由来バイオ燃料・樹脂原料（大王製紙等）に係る助成金・委託金が、NEDO等の検収を経て営業外収益へと振り替えられます。これにより、営業外損益が大幅に改善し、通期での 経常利益175百万円および純利益146百万円の黒字達成 を目指す計画となっています。

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5. 中長期ビジョン「2階建ての成長エンジン」と16パイプラインの全貌

GEIの中長期成長戦略は、 「1F 稼ぐエンジン」 と**「2F 夢のエンジン」** という 2階建ての成長モデル によって整理されています。全16のパイプラインを四半期単位の進捗マトリクスで管理し、事業化へのステップを踏んでいます。

【画像解説：2階建ての成長エンジンとパイプライン構成（PAGE_11）】

このスライドは、GEIの短・中長期の事業展開の全体像を一目で理解するための基幹図です。

• 1F「稼ぐエンジン」（対象パイプライン 16/16） :
  • 化粧品原料、食品添加物、香料、飼料添加物、航空燃料（SAF）、バイオエタノールなど。大手メーカーとの協働により早期にキャッシュを生み出す基盤事業です。
  • 開発型バイオファウンドリ（全3件） : 2027年4月以降、受託開発機能を「バイオファウンドリサービス」として本格自社展開予定。
  • 生産型バイオファウンドリ（全10製品） : 化粧品原料等（4製品）、マイコプロテイン/NMN/食品添加物（3製品）、飼料添加物（3製品）。商用化・商用サンプル生産に向けて進展中。
  • テクノロジーパッケージ（全3PJ） : 木質バイオマス由来エタノール、製紙素材由来バイオ燃料、パーム残渣由来バイオ燃料。
• 2F「夢のエンジン」（対象パイプライン 3/16） :
  • 国家プロジェクト規模のエネルギー革命をターゲットとし、1Fで確立したテクノロジーパッケージ（3PJ）を起点として、圧倒的なスケールで世界市場へ挑戦する長期構想です。

各パイプラインの主な進捗状況（2026年3Q時点）

• 化粧品原料等（4製品） : 海外OEM候補企業での生産可能性検討や訪問、パートナー企業による精製プロセスの条件確立などを実施中。
• 食品添加物（3製品） :
  • マイコプロテイン : サンプル生産に対するランニングロイヤリティを獲得中。
  • NMN : シンアート社からのライセンス取得を完了。2027年にOEM生産開始、2030年に数トン規模の販売を計画。
  • 食品添加物A : 生産技術検証が概ね完了し、マーケティングフェーズへ移行。
• テクノロジーパッケージ（3PJ） :
  • 木質バイオマス由来エタノール（森空PJ / 日本製紙・住友商事・日本航空） : セミコーマーシャルプラントを建設中（2027年稼働予定）。ベンチスケール設備での連続運転テストを実施中。国産ATJ-SAFのサプライチェーン構築に向けた覚書を締結。
  • 製紙産業素材由来（大王製紙） : パイロットプラント建設中（2027年稼働予定）。連続運転テストを進行中。
  • OPT由来（電源開発ほか） : インドネシア現地パートナーとの共同検証準備中。

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6. 株主・投資家へのコミットメントと今後の注目点

経営陣は、当3Qの減収・赤字拡大が 2031年目標に向けた着実な計画内先行投資 であることを改めて強調しています。建設仮勘定（+404百万円）や仮受金（+981百万円）の積み上がりこそが、実証プラント建設と国家プロジェクトが確実に進行している証左です。

今後、投資家が注視すべき主要なコミットメントは以下の3点に集約されます。

1. COMMITMENT 01: 通期業績予想の達成
   • 4QにおけるNEDOおよびパートナー企業からの検収完了による、売上高1,035百万円・経常利益175百万円の達成。
2. COMMITMENT 02: セミコマプラント稼働の実現
   • 2027年稼働（マイルストーン01: 1,000kLスケール）に向けた基盤整備と連続運転テストの着実な実施。
3. COMMITMENT 03: 2031年目標に向けたパイプラインの商用化
   • 16のパイプラインにおけるパイロットテストから商用サンプル生産、商用生産へのスケジュール通りの進展。

以上の通り、GEIの決算は単なる四半期損益の表面的な数値にとどまらず、バイオ産業のプラットフォーマーとして飛躍するための 基盤構築フェーズ（第2創業期） として捉えることができます。